Előzmény
Az Éj királynője minden hatalmát elvesztette. Férje halála után a vagyon és a föld az özvegyre és lányára, Paminára szállt, egy dolgot kivéve: a Napkorongot, melyet Sarastro gondjaira bízott a végrendelet. A Királynő nem nyugszik bele a végakaratba, és harcot indít a Napkorong visszaszerzéséért.

I. felvonás 
Taminót egy rém üldözi. Az ifjú elájul. Három dáma siet megmentésére, akik elpusztítják a szörnyet. Mindhármukat elbűvöli a kábult, szép fiatalember. A történtekről hírt kell vinniük úrnőjüknek, az Éj királynőjének, azonban mindegyik hölgy egyedül akar őrködni az ájult Tamino mellett. Ezen jóformán össze is vesznek, így aztán végül mindhárom együtt távozik. 
Tamino felébred, és egy furcsa, emberforma valamit lát közeledni. Papageno az, a madarász, aki madaraiért cserébe bort és ennivalót kap a dámáktól, vígan él, és egyetlen baja az, hogy még nem talált feleséget. Szóba elegyednek; Papageno azt füllenti, hogy ő ölte meg a kígyót. A visszatérő három dáma pont meghallja ezt, és megbünteti a nagyotmondó Papagenót: madaraiért cserébe most csak vizet, követ kap, meg egy lakatot a szájára. Közlik a hölgyek: ők mentették meg Taminót, akinek az Éj királynője leánya, Pamina képét küldi. Tamino egy csapásra beleszeret a képmásba. A lány azonban egy „gonosz démon”, Sarastro fogságában van – mesélik a dámák.
Mennydörgés kíséretében most maga a királynő jelenik meg, hogy tudassa Taminóval: ha kiszabadítja Paminát, az övé lehet a lány. A királynő távozik. A hölgyek leveszik a lakatot Papageno szájáról, és átadják Taminónak az Éj királynőjének ajándékát: egy fuvolát, mely elbűvölő muzsikájával boldogságot hoz az embereknek. Papageno már épp odább állna, de a hölgyek megállítják: a Királynő parancsára Tamino mellé kell szegődnie, és elkísérni őt Sarastro birodalmába. Papageno felháborodva fogadja a hírt. A hölgyek, hogy kissé kiengeszteljék, egy harangjátékot adnak neki. Taminót és a madarászt három bölcs gyermek fogja vezetni útjuk során. 
Sarastro palotája. Papageno rátalál az épp szökni próbáló Paminára. Elbeszéli neki, mint indultak az ő kiszabadítására. Tamino keresésére indulnak. 
Eközben az ifjú a három gyermektől kér útmutatást, hogy rátaláljon szerelmére. „Légy állhatatos, türelmes – légy férfi.” – szól a válasz. Rácsodálkozik, hova vezették a gyermekek: rettentő vár helyett egy csodálatos templomot talál. Harciasan kér bebocsáttatást: harmadik próbálkozásra jár csak sikerrel. „Mit keresel e szent helyen?” – kérdi őt egy öreg pap. „A Szerelmet és az Erényt.” – válaszolja Tamino. A pap úgy látja, Taminót valójában az Éj királynőjének bosszúszomja vezérli. Szerinte Sarastro nem gonosz varázsló, az Éj királynője pedig nem szánni való, fájdalmas anya... „Ó, végtelen éjszaka!” – nyög fel Tamino. „Mikor tűnsz már el? Mikor látom már meg a világosságot?” A pap csak annyit árul el neki: Pamina életben van. Tamino fuvolázni kezd, hátha annak hangja előcsalja a szerelmét. Még az erdei vadállatok is előmerészkednek a csodálatos zenére, ám a lány nem kerül elő.
Pamina és Papageno szintén Taminót keresik. De Monostatos, Sarastro visszataszító szolgája, aki reménytelenül szerelmes Paminába, rajtuk üt. Papageno játszani kezd a harangjátékon, mire Monostatos és a rabszolgák megbabonázva, szelíden hallgatják a muzsikát, majd megbűvölten mennek a dolgukra. Ekkor azonban bevonul Sarastro és kísérete. Pamina megvallja Sarastrónak, hogy szökni próbált, mivel Monostatos nem hagyott neki nyugtot. Sarastro nem neheztel, viszont nem engedheti vissza a lányt anyjához - annak Pamina boldogsága lenne az ára. Sarastro úgy vallja: az Éj királynője túllépett saját hatáskörén. Monostatos vezeti be a foglyul ejtett Taminót; a két szerelmes végre először pillantja meg egymást. A szolga jutalmat vár leleményességéért - meg is kapja: huszonhét talpvesszőzést... Sarastro utasítására Taminót és Papagenót a Próbák Templomába vezetik, hogy lelkük megtisztuljon. 

II. felvonás
Sarastro és papjai gyűlnek össze egy szertartáson. Tamino vállalkozott a három próbára, hogy lehulljon szeméről az éjszaka fátyla – hogy Beavatottá váljon. A papok úgy döntenek, támogatni fogják az ifjút. Az istenekhez, Íziszhez és Oziriszhez fohászkodnak: adjanak bölcsességet és türelmet a leendő párnak, s ha elbuknának a próbákon, fogadják be őket az istenek. 
Két pap készíti fel az ifjakat az első próbára. Tamino eltökélt: aláveti magát bárminek, akár a halála árán is. Papageno már nem ennyire elszánt: ő csak enni, inni akar, meg esetleg egy asszonykát. De ha utóbbit csak próbák árán kaphat, akkor inkább szalma marad. Pedig van egy bizonyos szép és fiatal Papagena - mondják a papok.... 
Kezdetét veszi az első próba: nem szólhatnak nőhöz egyáltalán. 
A két férfi teljes sötétségben marad. A három dáma lopózik be; lemondóan közlik: Taminóék sorsa megpecsételődött, el fognak veszni. „Azt beszélik, aki beáll a Rendbe, egyből a pokolba jut!” Tamino bölcsen hallgat, de Papageno annyira megijed, hogy nem tudja tartani a száját. Végül a Beavatottak hangja zendül fel mennydörgés kíséretében, mire a dámák ijedten elszelelnek. A két pap gratulál Taminónak: teljesítette az első próbát. 
A békésen alvó Paminát Monostatos környékezi meg. Ő is párra vágyna, de elkerüli a szerelem, mivel mindenkit riaszt a külseje. A Holdat kéri, forduljon el, míg csókot lop – ám ekkor az Éj királynője jelenik meg. Mikor Paminától megtudja, hogy Tamino átállt Sarastro oldalára, iszonyú haragra gerjed. Tőrt ad lányának, és megfenyegeti: kitagadja, hogyha nem öli meg Sarastrót. Elviharzik. 
Monostatos, aki titokban végignézte a jelenetet, alkut ajánl a lánynak: segít neki, ha az szeretni fogja őt. Pamina visszautasítja, mire Monostatos elkeseredésében le akarja őt szúrni. Sarastro avatkozik közbe: Monostatost elzavarja – a szolga az Éj királynőjéhez szalad. Pamina kérleli a főpapot, ne büntesse meg anyját. Sarastro megnyugtatja a lányt: e falak között bosszúnak nincs helye. 
Taminót és Papagenót a második próbára vezeti a két pap. Továbbra is csöndben kell maradniuk. Egy csúf öregasszony jelenik meg, Papagenóval beszélget. Azt állítja, van egy szeretője, aki tíz évvel idősebb nála - és Papagenónak hívják. Mennydörgés emlékezteti a madarászt: jobb volna csöndben maradnia... 
A három gyermek jelenik meg: Sarastro velük küldi vissza a fuvolát és a harangjátékot gazdáiknak, melyeket korábban elvettek tőlük. Étellel-itallal roskadozó asztal jelenik meg. Papageno boldogan nekilát enni, Tamino inkább muzsikál. A zene hangjára Pamina rájuk talál, szerelme azonban a próba intelme miatt némán elhúzódik tőle. A lány azt hiszi, Tamino nem szereti őt többé. Összetört szívvel távozik. 
A papok kórusa imádkozik Taminóért.
Papageno elbukott a próbákon. Próbálja meglelni Taminót és a kiutat. A papok közlik vele: az istenek elengedik neki a büntetést, amit megérdemelne, cserébe viszont nem részesülhet a Beavatottak kiváltságában. A madarász közli velük, hogy ő csak egy kis borra vágyik, amit meg is kap. Hirtelen átjárja az érzés: párra vágyik! Betáncol a korábbi öregasszony, és tudatja Papagenóval: vagy beéri vele, vagy többet nem lát se napfényt, se finom ételt, asszonyról nem beszélve... Papageno ijedtében megfogadja, hogy hűséges lesz hozzá, mire az öregasszony a fiatal és szép Papagenává változik. A meglepett Papageno azonban nem méltó még párjára, ezért egy pap elvezeti a lányt. 
A három gyermek köszönti a hamarosan felkelő Napot. Pamina közeledik, kit elemészt a bánat, amiért Tamino képes volt elhagyni őt. Előveszi a tőrt, melyet anyja adott neki, és magára emeli. A három gyermek állítja meg, mondván: Tamino csakis őt szereti. Mind elindulnak, hogy megkeressék az ifjút. 
Tűz és víz földjén jár Tamino. Inkább meghalna, semmint feladja küldetését. Pamina jelenik meg: együtt, kéz a kézben folytathatják útjukat. A félelmek kapuja előtt állnak, mely mögött halál leselkedik rájuk. Pamina bölcs tanácsára a fuvolát hívják segítségül. Sikerül keresztülvágniuk a tűzön. Ízisz szentesítette kapcsolatukat – beléphetnek a templomba. 
Eközben Papageno nyughatatlanul keresi Papagenáját. Mióta meglátta mátkáját, nincs maradása. Sípján próbálja hívni – mindhiába. Elkeseredésében fel akarja akasztani magát, de a három gyermek ismét közbeavatkozik, és azt tanácsolják: játsszon inkább a harangjátékán. A muzsika ereje ismét győz: előkerül Papagena, és végre boldogan állnak neki közös életük, és a sok kis Papagena és Papageno tervezésének.
Monostatos ólálkodik vissza az Éj királynőjével és a három dámával. A királynő ezúttal Monostatosnak ígérte Pamina kezét annak szolgálataiért cserébe. Merényletre készülnek a Testvériség ellen. Egyszerre azonban a földre rogynak és hatalmuk megtörik: felkel a Nap, és mindent beragyog. Bevonul Sarastro és kísérete. „A napsugarak elűzik az éjt; a bátorság győzedelmeskedik, s így Szépség és Bölcsesség elnyerik örök jutalmukat.”